男性生殖器长痘痘有如下原因：1、普通的细菌感染引起的，或者是皮肤感染引起的，比较轻微，可以通过药物达到尽快缓解。2、病人的性生活不规律，有不洁的性生活史引起性传播疾病，比如尖锐湿疣或者是生殖器疱疹。3、还有可能是毛囊炎，因为毛囊炎也会导致男性生殖器长痘痘。所以如果男性患者发现生殖器长痘痘，应该及时地调整生活作息，严重的必须及时到医院做检查，明确诊断，对症下药。