不良反应以六岁以下的学龄前儿童为主占60%以上，不良反应出现时间比较短，2小时内出现者约占一半以上。类型以及临床表现多种多样，除一般的消化道不适和轻微的皮肤过敏外，阿奇霉素在儿童以及青少年中还可以引起过敏性的休克、药疹、中毒性肝炎、白细胞减少、肾损害等。其中以变态过敏反应最为常见，阿奇霉素引起的不良反应，及时处理和抢救后致死率比较低，但两岁以下婴幼儿静脉给药时潜在的危险比较大，临床给药时应该慎重选择给药的方法并且密切的观察，观察有无中毒的现象。