胃间质瘤的病因现在尚不明确，但认为基因突变与该病有关，80%的胃间质瘤的患者存在酪氨酸激酶的突变，5%-10%的患者存在血小板源性生长因子受体α的突变。大约10%-15%的患者没有上述两个基因的突变，但是存在于其他的基因或者蛋白的突变，在这些突变的基因或者蛋白的影响下，导致肿瘤不断的增长，基因的突变与胃间质瘤的良恶性没有关系，但跟胃间质瘤的靶向治疗是有关系的。另外，胃间质瘤还可能有一些诱因，比如环境因素，如大气、水的污染以及土壤里面所含有的微量元素，还有遗传的因素，比如有患有神经纤维瘤病-1型的患者，更易发生胃间质瘤。