子宫内膜异位症很容易造成育龄期妇女不能怀孕，内异症患者不孕率高达40%以上。引起不孕的原因比较复杂，比如盆腔的环境发生改变就容易影响精子卵子结合以及运送。另外也容易造成免疫功能异常，从而容易导致抗子宫内膜抗体增加，破坏子宫内膜正常代谢以及生理功能。另外卵巢功能异常也容易导致排卵障碍，以及黄体形成不良，中、重度的子宫内膜异位症患者可能会因为卵巢或者输卵管周围粘连，影响到受精卵的运输。