滴虫性阴道炎的治疗需要全身用药，主要治疗药物为甲硝唑及替硝唑。初次治疗可选用甲硝唑2g单次口服，替硝唑2g单次口服，或甲硝唑400mg，每日两次，连服7日，口服药物的治愈率为90%~95%。服药后偶见胃肠道反应，如食欲减退，恶心呕吐，此外偶见头痛，皮疹，白细胞减少等。一旦发现应停药，甲硝唑用药期间及停药24小时内，替硝唑用药期间及停药72小时内禁止饮酒，哺乳期用药不宜哺乳。滴虫性阴道炎主要由性行为传播，性伴侣应同时进行治疗，并告知患者及其伴伴侣治愈前应避免无保护性性交。为避免重复感染，内裤及洗涤用的毛巾应煮沸5~10分钟以消灭病原体，并应对其性伴侣进行治疗。