男性排尿时疼痛，根据不同的病因，可采取不同的治疗方案，具体如下：1、泌尿道感染：应查血常规、CRP、尿常规、尿培养等明确感染的程度及感染病原菌，根据经验用药或药敏试验选择敏感的抗生素进行规范的抗感染治疗。2、前列腺炎：慢性细菌性前列腺炎可查前列腺液培养+药敏，选择覆盖检出的致病菌的抗生素治疗，慢性无菌性前列腺炎则可中西医结合进行综合治疗。3、泌尿道结石：可根据结石的部分不同，采取不同的治疗措施，如体外碎石或钬激光取石等。