泌尿系统的衣原体感染，以非淋球菌性尿道炎较为多见。衣原体对抗生素较敏感，治疗效果较明显，一般需口服四环素类药物，但疗程较长，时间为两周左右。如果出现耐药情况，可改为更为敏感的药物。对于感染较为顽固的情况，则需要抗感染治疗长达3-6周。如果前一次治疗不彻底，可能引起男性的急性附睾炎、前列腺炎和女性的急性输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎、不孕不育等。再一次治疗，实现治愈的难度加大且容易复发，需要更长的治疗时间，配偶需同时进行相应治疗。