肛门囊肿有以下治疗方法：第一，肛周囊肿非常小、没有任何不适，可以暂时给予观察。如是长期处于不增大，可以再次观察。如果是越来越大，要建议及时的手术。第二，肛周囊肿逐渐的增大，偶尔会有不适感。建议及早的手术，手术可以切除囊肿之后一起缝合。第三，肛周囊肿出现急性感染时期，不能一期一期切除。要先将脓肿切开排脓后，再用抗生素治疗，待三个月炎症稳定之后，再将囊肿切除。