十二指肠球部溃疡的治疗，最常用的是药物治疗，治疗药物治疗包括抑酸药物，首选质子泵抑制剂，常用药物有奥美拉唑，艾司奥美拉唑，兰索拉唑，雷贝拉唑，泮托拉唑等，H2受体拮抗剂，常用药物有法莫替丁和雷尼替丁等，二根除幽门螺杆菌，十二指肠球溃疡，无论活动与否，幽门螺杆菌阳性的患者均应进行幽门螺杆菌的根除治疗，降低溃疡的复发率，三胃黏膜保护剂铋剂和弱碱性抗酸剂，如铝碳酸镁，磷酸铝，氢氧化铝凝胶等，如十二指肠球溃疡患者出现消化道出血，则应进行内镜下止血治疗，如十二指肠球部溃疡患者出现消化道大出血内镜下治疗无效者，急性穿孔，慢性穿透性溃疡瘢痕性幽门梗阻内镜治疗无效者则应考虑外科手术治疗。