沙眼的治疗主要包括全身和眼局部药物治疗，及对并发症的治疗，局部用0.1%的利福平眼药水、0.1%的酞丁胺眼药水，或0.5%的新霉素眼药水等滴眼，每天四次，夜间使用红霉素类、四环素类眼膏，疗程最少10到12周。急性期或严重的沙眼，应全身应用抗生素治疗，一般疗程为3到4周，可口服多西环素或者红霉素，七岁以下儿童和孕期妇女忌用四环素，避免产生牙齿和骨骼损害。手术矫正倒睫及睑内翻是防止晚期沙眼瘢痕形成导致失明的关键措施。