射精后肚子疼最常见于慢性前列腺炎，病人发生慢性前列腺炎时，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，会导致黏膜水肿、糜烂。由于感染性致病菌还会刺激膀胱颈部黏膜，导致膀胱颈部黏膜水肿、糜烂。病人在射精后，由于精液中含有大量致病微生物，当致病微生物到膀胱和后尿道时，会引起膀胱颈部糜烂组织出现疼痛症状，病人会出现射精后小腹疼痛症状。病人出现射精后肚子疼症状时，需及时到泌尿外科或男科就医。通过精液细菌培养，通过精液支原体、衣原体培养，常常能找到致病微生物。通过规范的药物治疗，多数病人射精后肚子疼症状会彻底好转。