胃肠炎的治疗必须要针对病因进行治疗。胃肠炎包括急性胃肠炎和慢性胃肠炎。急性胃肠炎多数由病毒或者细菌感染引起，患者可以做血常规检查，血常规检查提示白细胞中性粒细胞升高，就是细菌感染，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗；如果血常规显示白细胞中性粒细胞正常，就是病毒感染，主要是对症治疗，就是选择药物进行对症、止痛、止吐、止泻、退热等，因为抗病毒没有特效的药物。如果是慢性胃肠炎，常见于肠结核和炎症性肠病。炎症性肠病包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。如果是肠结核，主要使用抗结核药物治疗，疗程是半年到九个月；如果是炎症性肠病，可以选择水杨酸类药物，糖皮质激素和细胞免疫抑制剂治疗。因为炎症性肠病有反复发作，终身反复的特点，患者需要有终身治疗的心理准备。