低烧头疼的原因：一，感冒一般在感冒初期会出现流鼻涕、打喷嚏、鼻塞的症状。当感冒比较严重时，可能会伴随着头疼，低烧乏力，浑身酸痛等症状。对于比较严重的感冒，一定要及时口服药物治疗，例如感冒灵颗粒、莲花清温胶囊等。二，中枢神经系统疾病，例如脑膜炎、脑炎都有可能会导致低热、头痛等症状。一般还会伴随着恶心呕吐的症状。在出现这种情况时，需要及时到医院就诊，必要时可做腰穿抽取脑脊液诊断病情。