复方氯己定含漱液与阿莫西林可以同时应用，因为两者的应用方法不一样，一种是局部漱口，一种是口服。复方氯己定内部含有甲硝唑成分，这种情况主要是针对于口腔局部黏膜炎症进行消炎，起到一定的效果。而口服抗生素阿莫西林能够起到一定的身体综合性的抗炎治疗。所以说两者共同应用，能够达到治疗口腔炎症的目的。一方面来说两者进行应用时局部应用和口服应用，不会存在一定的药物不良反应。所以说应用是完全可以的，进行应用的同时，必须要进行牙齿的对症处理，清除掉局部病灶的基础上，进行联合性的应用效果会比较明显，会对于疾病的治疗有一定的帮助。