卵巢巧克力囊肿没有特别明确的发病原因，目前病因涉及机体免疫功能、遗传环境，是多种因素相互作用形成。最广泛的学说是考虑经血逆流的种植学说，月经血经过输卵管逆流到盆腔内，可能就会种植在盆腔内。如果种植在双侧卵巢，就会形成卵巢巧克力囊肿，也就是盆腔子宫内膜异位症。