支气管镜对肺部疾病有很大的诊断和治疗作用。肺部感染的患者可以通过支气管镜检查，留取痰液标本，根据痰培养药敏的结果，合理的使用抗菌药物进行治疗。肺部占位的病人通过支气管镜检查，留取活检标本，根据病理的结果，排外肺癌。同时根据病理学有时候可以进行基因检测，有条件的患者可以进行靶向治疗。如果没有基因突变，可以进行化疗放疗处理。对一些肺结核的患者，有时候也会出现支气管结核，可以在支气管镜下进行球囊扩张、冷冻等治疗。