如果得了肛瘘，可以应用药物治疗，控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但不能彻底的治愈，可以通过中药熏洗，起到清热解毒、消肿止痛的作用。还可以应用手术彻底的治愈此病，可以行瘘管切开术，将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长，使伤口愈合。还可以行肛瘘切除术，切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合。如果肛瘘瘘管位置比较高，可以行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，防止出现肛门失禁，术后积极的切口换药，注意饮食调理。