主要通过手术方式治疗肝内胆管结石，但并非每个患者都需要手术。肝内胆管结石体积比较小、数量不多的情况下，一般不引起明显的症状，可以暂时不做手术，定期到医院复查，平时不要摄入高脂肪食物。对于体积比较大、数量比较多，有明显右上腹部胀痛症状的肝内胆管结石，通常都需要及早手术。手术治疗的时候，需要尽可能的取干净胆管内的结石，解除胆管梗阻的现象。如果肝内胆管结石局限于某一肝段、肝叶内，而且数量比较多，引起明显的胆汁淤积现象，甚至肝细胞纤维化就需要考虑做肝叶切除手术。