男性小便刺痛最常见的原因是尿路系统感染或者尿路结石导致的可能性大。最常见的原因是细菌或者淋球菌感染引起的，尿路感染通常会表现为尿痛，尿频、尿急，因为细菌或者淋球菌会刺激尿道黏膜出现疼痛感，导致小便症状为刺痛，需要化验尿常规。同时取尿道口粘膜或者尿道分泌物做实验室检查，确定具体的病因，给予对症治疗。如果是细菌性感染导致的，需要口服或者静滴抗生素。如果是淋球菌感染导致的需要静脉滴注抗生素治疗。输尿管结石或者尿道结石导致的小便刺痛，多数会伴有血尿情况，需要彩超检查确诊结石的位置和大小，选择合适的取石方法。