马拉色菌毛囊炎的治疗方法，主要是进行抗真菌治疗，同时还需要进行消炎治疗。因为毛囊炎是属于一种真菌感染性的炎症，一般通常情况下可以外涂复方酮康唑香波，或者是复方酮康唑乳膏等进行治疗。也可以外涂曲安奈德益康唑乳膏进行治疗，或者联苯苄唑乳膏治疗。如果毛囊炎伴有一定的瘙痒症状，也可以配合口服抗组胺药物治疗，比如口服氯雷他定等。口服一些抗真菌药物治疗，如酮康唑或者伊曲康唑等进行治疗。但是在口服这些药物之前，一定要检查患者的肝功能。