慢性再生障碍性贫血的治疗是以药物治疗为主，一般来说经过积极的治疗，多数的患者可以获得缓解，经常使用的药物包括微量元素类的药物，比如说氯化钴，可以刺激肾脏增加红细胞生成素的产生，也可以使用免疫调节剂左旋咪唑，肾上腺皮质激素，雄性激素类的药物常用的包括丙酸睾丸酮或者是康力龙等。除了以上经常使用的药物之外，环孢素也是经常使用的治疗慢性再生障碍性贫血的药物，一般来说用环孢素治疗慢性的再生障碍性贫血百分之70到80%的患者可以获得缓解，还可以使用莨菪碱类的药物，可以解除骨髓微环境的血管痉挛，调整其血流灌注，从而可以改善造血的微环境。