十二指肠球部溃疡可以选择药物治疗，药物治疗方面治疗的目的就是促进溃疡面的愈合，再就是要控制症状，避免复发。应用的药物主要有以下几类：一、抑制胃酸分泌的药物：主要是质子泵抑制剂，组胺受体拮抗剂，常用的主要有西米替丁、雷尼替丁，质子泵抑制剂主要有奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑，埃索美拉唑，其中质子泵抑制剂在促进溃疡愈合的速度方面比较快，愈合力比较高，适用于各种难治性的十二指肠球部溃疡。二、黏膜保护剂，对于十二指肠球部溃疡可以采用黏膜保护剂，主要就是跟抑酸药联合应用，可以提高溃疡的愈合质量，减少溃疡复发，常用的主要有硫糖铝、果胶铋、枸橼酸铋钾。三、胃肠动力药，主要是用于出现恶心、呕吐、腹胀这样的十二指肠球部溃疡患者，药物主要有吗丁啉、胃复安、依托比利这样的药物。另外要根除幽门螺杆菌，如果说证实有幽门螺杆菌感染，可以选择药物来根除，再就是结合手术来治疗。