临床上发现支原体衣原体阳性，通常要采取以下几种措施：一、要坚持正规的治疗，不要半途而废，这对消灭传染源和预防合并症都是非常有好处的；二、完成治疗后需要进行复查，以评定是否真正的痊愈，一定要复查2到3次均为阴性才可以；三、性伙伴也需要检查和治疗；四、在病人和性伴彻底治愈前一定要避免性接触。在临床上治疗支原体衣原体所采用的药物治疗有以下几类药物：一、四环素类的药物，临床代表性的药物有多西环素、米诺环素、盐酸四环素；二、大环内酯类的药物，如红霉素、阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素；三、喹诺酮类的药物，代表性的药物有左氧氟沙星、环丙沙星等。以上就是发现支原体衣原体阳性以后的处理和治疗办法。