小便时阴部疼痛，主要考虑为膀胱结石、前列腺炎以及尿道结石等原因导致的。如果有膀胱结石，由于结石对膀胱黏膜会造成刺激，就引起尿频尿急尿痛等症状，有的患者就会造成阴部出现疼痛。如果有前列腺炎，除了引起膀胱刺激征以外，还会引起会阴区隐痛不适，严重的会导致性功能障碍。如果有尿道结石，在小便的时候由于尿液冲击力，结石会对尿道粘膜造成刮伤，就会引起尿道以及会阴部出现疼痛。一般需要及时到医院做彩超检查、前列腺液检查明确病因，然后根据病因进行针对性治疗，比如药物治疗或者碎石治疗。