肾脏结石手术以后肾区疼痛，可能的原因：1、伤口区的疼痛，比如经皮肾镜手术以后，在腰部就会存在有一个通道，在手术后24小时内疼痛比较明显，术后48-72小时后疼痛可逐渐缓解。开刀进行手术，术后刀口疼痛一般都比较明显，48-72小时以后逐渐缓解。2、肾脏结石手术以后引流不通畅，比如肾结石手术以后，未留置输尿管支架管或者未留置肾脏造瘘管，导致肾盂内高压合并肾盂内出血，都可以造成肾区的疼痛。3、手术本身对肾脏实质造成的损害，合并肾周或者肾盂肾炎感染，出现局部疼痛，同时伴有寒战高热，或者伴有尿频、尿急等相关的症状。