功能性胃肠疾病的患者需要从生活、饮食、心理等方面进行治疗，必要的时候还要辅以药物对症治疗，以减轻症状、提高生活质量。功能性胃肠疾病的一般治疗主要是帮助患者认识、理解病情，建立相互信任的医患关系，消除患者的疑虑，确立治疗的信心，使患者积极主动的参与治疗，必要的时候给予心理治疗。此外，还要形成良好的生活习惯，不要抽烟喝酒，避免熬夜，药物治疗主要是包括使用一些对症支持的药物，常用的有胃肠动力药物，如多潘立酮、莫沙必利，另外也可以使用调节肠道菌群的药物，如金双歧、乳酸菌素片等。精神症状明显的患者可以使用精神类的药品。