怀孕40天时想要流产，可以进行药物流产，建议一定要去医院，在医生的指导下服用流产药物进行流产。一般需要连续三天服用流产药，在第三天服用流产药后妊娠囊就会排出体外，之后一周左右阴道出血情况就会停止。建议女性在药物流产后一定要定期去医院复查，做B超看流产是否流干净了，如果有残留组织物，还需要进行清宫手术。此外在流产后要注意多休息，避免着凉，不要剧烈的运动，饮食尽量以清淡和易消化为主。