阴茎长小水疱的原因考虑以下几个方面：1、生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒2型引起的一种性传播疾病，主要通过性接触传染，在阴茎上可以看到红斑、丘疹、米粒状的水疱，呈簇集状，呈条带状分布，伴有疼痛明显。在治疗上可以口服溴夫定片或盐酸伐昔洛韦片，在外用药上，可以局部应用复方黄柏洗液进行冷湿敷，阿昔洛韦软膏和表皮生长因子凝胶混合外用。在饮食上需要清淡饮食，禁忌辛辣刺激性的食物，禁忌酒。2、丘疹性荨麻疹：由蚊虫叮咬以后引起的一种过敏性皮肤疾病，可以看到在阴茎上出现了丘疹、丘疱疹，伴有瘙痒，严重者还会出现大量水疱。在治疗上可以口服复方甘草酸苷片和盐酸非索非那定片，在外用药上局部可以应用硼酸溶液进行冷湿敷，紫草油和糠酸莫米松乳膏交替外用。治疗期间需要穿纯棉、宽松的内裤，注意休息、减少熬夜，在外出的时候一定要外涂驱蚊的药水或药膏。因此，针对阴茎长小水疱，建议患者到正规医院，在专业的皮肤科医生指导下进行治疗。