慢性结肠炎主要包括肠结核和炎症性肠病。肠结核是由结核杆菌引起的肠道慢性炎症，主要给予抗结核治疗，疗程是半年到九个月。炎症性肠病是与自身免疫异常相关的慢性肠道炎症，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎，可以选择水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂治疗，疗程是两年以上，多数患者需要终身维持治疗。肠结核早期病变是可逆的，因此需强调早期治疗。如果病程已至后期，即使给予合理规范的抗结核药物治疗，也难完全避免并发症的发生。休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。活动性肠结核需卧床休息，积极改善营养，必要时可给静脉内高营养治疗。炎症性肠病一般要给高营养低渣饮食，适当给予叶酸、维生素B12等多种维生素及微量元素。如果患者并发完全性肠梗阻、急性肠穿孔、肠道大量出血，经积极抢救不能满意止血者，必须要手术治疗。