三个月宝宝咳嗽，很可能炎症感染的原因造成，可能是上呼吸道感染或者下呼吸道感染，可能是病毒性的感染，也可能是细菌性的感染或者支原体或衣原体，或者其他病原体造成感染的现象，因此需要查明病原体，针对病原体应用药物治疗。如果是细菌性的感染，可以选择应用青霉素类的抗生素或者头孢菌素类的抗生素。如果是病毒性的感染，可以选择应用抑制病毒生物合成的药物。如果支原体或衣原体造成感染，可以选择应用大环内酯类的抗生素进行治疗。