脚内侧骨头突出部位疼痛，可能与以下的原因有关。1、痛风性关节炎。疼痛的位置，主要就在脚内侧第一掌趾关节处，骨头突出的部位。疼痛的时间一般都是在夜间休息的时候，疼痛突然发作，比较剧烈。2、拇囊炎。拇囊炎的疼痛位置，也是在脚内侧第一掌趾关节处，但是这种原因引起的脚疼，是在活动的过程中出现，而且一般都有拇外翻的现象。3、慢性劳损，引起脚内侧骨头突出部位疼痛。主要见于持续走路时间过久的情况下。