儿童早上起来咳嗽的原因，很可能是属于炎症感染的原因造成，可能是病毒，细菌，支原体，衣原体或者真菌等病原体，可以造成上呼吸道发生感染，也可以出现下呼吸道感染的现象，所以会引起早上起来咳嗽的情况，要查明病原体，并且针对病原体选择应用药物进行治疗。也有可能是过敏性的原因造成，需要查明过敏原，并且脱离或者避免接触过敏源应用抗过敏的药物进行治疗。也可能是支气管哮喘的原因造成的咳嗽现象，采取抗免疫以及扩张气管的药物治疗。