阴茎上起了几个小水疱，最常见的原因是生殖器疱疹，也称为阴茎疱疹，是感染了人类疱疹病毒所导致。人类疱疹病毒分为1型和2型，2型导致生殖器疱疹，一般通过性接触传染，少数人可以通过卫生用品、不洁净的衣物间接传染，一般潜伏期为一周之内。开始在包皮龟头冠状沟，以及阴茎上会有红斑，在红斑的基础上，随即出现细密的小水疱，水疱过几天以后，可以转变为脓疱，一周左右，水疱或者脓疱会破溃，形成小的糜烂面或者小的溃疡，不经治疗，一般三周左右也可以痊愈。但是因为是病毒感染，如果病毒不能完全清除会反复发作。生殖器疱疹因为有传染性，所以配偶或者性伴侣建议同期进行检查和治疗。