导致射精后阴茎根部疼痛的原因有多种，例如生殖器炎症、性生活频繁、泌尿系统结石等。1、生殖器炎症。如果患者患有生殖器炎症，例如精囊炎、前列腺炎、尿道炎等疾病，在炎症刺激下，射精后容易出现阴茎根部疼痛的情况。2、性生活频繁。如果患者平时经常性生活或性生活用力过大，容易造成阴茎部位损伤，在射精后也会出现阴茎根部疼痛的症状。3、泌尿系统结石。如果患者患有泌尿系统结石，在排石的过程中容易造成尿道损伤，所以也会引发射精后，出现阴茎根部疼痛的情况。