治疗男性生殖疱疹可以口服抗病毒的药物，如临床常用的阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等。对于耐药的菌株，也可以使用膦甲酸钠来进行抗病毒的治疗。除了抗病毒的系统治疗之外，皮损的局部可以使用抗病毒以及抗细菌感染的外涂的药物，像阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏、干扰素软膏等都具有抗病毒的作用。也可以使用莫匹罗星软膏、金霉素眼膏等来进行局部的抗细菌感染的治疗，以防合并的感染。对于生殖器疱疹，无论是男性还是女性，治疗方法都是大同小异的。对于复发性的单纯疱疹的患者，需要一个长程的抗病毒治疗，一般需要四到六个月的时间。