双侧肾脏结石，伴有肾囊肿，需要的医院进行CT等检查，详细的评估后决定如何处理。如果肾囊肿比较小，结石体积比较大，则建议先处理肾脏结石，比如经过体外冲击波碎石，经过微创手术取石等，清除体内的结石。但治疗结石时，一般原则上双侧结石不同时处理，而是先处理单侧结石，一侧结石排出或者治愈以后再处理对侧肾脏的结石。手术可以选择相对比较好做的一侧先进行清石处理，然后处理相对比较难处理的一侧。但是对于双侧肾脏囊肿较大，大于4cm，并且已经造成了肾脏实质的压迫，而肾脏内的结石小于6mm以下，则此时先处理肾囊肿，囊肿处理完毕以后，择期再处理肾脏结石或者定期观察即可。需要到泌尿外科进行详细的评估，制定合理的手术方案或者治疗方案。