胃神经官能症的治疗主要以缓解症状，提高患者的生活质量为主要目的，遵循综合治疗和个体化治疗的原则。帮助患者认识和理解病情，建立良好的生活和饮食习惯，避免烟、酒及服用非甾体抗炎药，避免食用可能诱发症状的食物，注意根据患者不同特点进行心理治疗，失眠，焦虑者可适当服用镇静或抗焦虑药物。其他治疗主要是经验性的治疗，尚无特效药物。如果有上腹痛，上腹烧灼感为主要症状的患者，可选择H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂，抑制胃酸治疗；如果有餐后饱胀、早饱为主要症状的患者，可选用多潘立酮，莫沙必利，伊托必利等促胃肠动力药治疗。对疗效不佳者抑制胃酸药和促胃肠动力药可换用或合用。如果是有与进食相关的上腹胀、食欲差等症状的患者，可选择助消化药，如复方消化酶、复合维生素B等治疗。如果上述治疗疗效欠佳而伴随精神症状明显者，可使用抗抑郁药物治疗，宜从小剂量开始，注意药物的不良反应。