心肌炎的确诊一般要根据病因的特点，心脏相关的临床症状和体征，实验室检查发现的心电图异常，心肌坏死标志物升高，超声心电图的异常，并排除其他心脏疾病时作出。心肌炎的确诊需要病理组织学的证据，主要是心内膜心肌活检的结果，因其对治疗的指导意义有限，且有一定的操作风险，目前临床并不常规进行，在许多情况下，心肌炎的诊断有相当难度，如病毒感染的病是不明显，而心肌坏死的标志物有正常的时候，即使有明确的心力衰竭和心律失常的心脏损害，心肌炎的诊断将难以确定。