男性生殖器长小水泡常见的疾病如下：一、生殖器疱疹。生殖器疱疹一般是由性接触所引起。主要是由单纯疱疹病毒感染所导致，患者在生殖器上会有簇集或者散在的小水疱。一般过几天之后，小水泡就会溃烂或者结痂自愈，而且会伴有疼痛。部分病变比较严重的，可存在腹股沟淋巴结肿痛、发热、头痛、乏力等症状。这种情况一般需要使用抗病毒药物治疗。比如阿昔洛韦，在治疗期间还要避免水泡溃破后引起细菌感染。二、生殖器过敏。当生殖器接触过敏原后，可出现过敏反应。部分可表现为生殖器上长有小水泡而且伴有瘙痒不适，这种情况一般需要使用抗过敏药物治疗。