甲强龙的副作用可以累及肌肉骨骼系统、消化道系统、神经系统、内分泌系统等等。肌肉骨骼系统可以表现为肌无力，类固醇性肌病，可以引起骨质疏松，压迫性脊椎骨折；可以引起体液与电解质紊乱，表现为低钙血症，低钾血症，钠潴留和充血性心力衰竭，高血压；引起消化系统发生穿孔和出血性消化性溃疡；可以引起皮肤变薄脆弱，出现瘀点瘀斑，反复局部皮下注射可能会引起局部皮肤萎缩，妨碍伤口愈合；神经系统可以出现假性脑肿瘤，颅内压升高，癫痫发作，眩晕；内分泌系统可以引起月经失调，库欣状态；眼部可以引起白内障，青光眼；免疫系统可以掩盖感染，潜在感染发作；可以导致糖代谢的异常，诱发潜在糖尿病的可能，增加糖尿病患者对胰岛素和口服降糖药的需求。