肛肠囊肿诊断比较模糊，一般认为是临床上的肛周脓肿，如果确诊是肛周脓肿，首选的治疗方法应该是手术治疗。因为肛周脓肿它是感染性的疾病，里边有脓液，所以需要用外科手段及早地切开排脓。如果是有些情况不能做一次性的根治手术，可以通过抗感染、局部坐浴等方法控制炎症，让症状得到缓解。对于有些肛周脓肿的患者，可能有许多基础疾病是不允许做手术的。比如凝血时间过长，或者长期服用抗凝药物的这些患者，或者心脏功能不好的患者，可以采取单纯的切开引流改善症状，形成肛瘘以后，就没有这些分歧了。等时机成熟，再做肛瘘手术。