造成小便疼痛的原因较多，具体如下：1、尿道炎：一般是由于细菌感染造成的，常见的致病菌有淋球菌、支原体、衣原体等，在人体免疫力低下或者有过不洁性接触时容易被传染。2、前列腺炎：主要的原因是由于尿液逆流进入前列腺长期刺激造成的，一般跟长期、过度手淫有一定的关系。3、尿道结石：尿道存在有结石，容易造成小便时疼。建议患者最好可以前往当地正规医院泌尿外科就诊，在医生的指导下明确具体的原因，然后再选用合适的药物治疗，不要盲目用药，以免对身体造成影响。