肾囊肿合并有肾脏结石，则需要到医院检查、评估，来决定如何处理。第一、如果是同侧的是囊肿合并肾脏结石，则不能进行体外冲击波碎石，因为体外冲击波碎石时，可能造成是囊肿的破裂，而造成出血或者疼痛等，建议进行手术治疗，可采用经皮肾镜来清除结石，或者输尿管软镜来清除结石。如果肾囊肿体积较大也可以一次手术，进行腹腔镜下肾囊肿去顶减压，加经皮肾镜手术或者输尿管软镜的手术，将两者疾病同时处理。第二、如果肾脏囊肿小于4cm以下，则建议暂时不处理囊肿，处理结石即可，可以考虑输尿管软镜钬激光碎石、或者经皮肾镜钬激光碎石手术，然后再定期复查，囊肿如果超过4cm后，则建议在B超引导下进行穿刺治疗，或者等到肾脏囊肿体积进一步增大以后，结石完全排出以后，再进行腹腔镜下肾囊肿去顶减压手术。