目前为止，胃肠道间质瘤的病因尚不明确，临床上大多数恶性肿瘤的病因均不明确，只有极个别恶性肿瘤有明确的病因，大部分恶性肿瘤均由于综合因素引起发病，包括家族遗传因素，环境因素，饮食因素，生活习惯变化等，因大部分恶性肿瘤病因不明，所以，暂时无法找到有效的根治方法。