男性小腹两侧疼痛的原因有这几种：一、当患有急性睾丸炎、附睾炎、精囊炎、输精管炎，炎症波及范围比较广，波及到精索部位时会引起小腹部疼痛。二、可能是前列腺炎导致的，多表现为小腹胀痛，并伴随着尿急、尿痛等症状。三、如果有过度运动损伤病史，考虑可能是因为腹直肌拉伤引起的。四、可能是泌尿系统疾病，例如输尿管结石，同时可能会伴随着腰部疼痛。五、可能是肠道疾病引起的，例如肠炎，容易导致小腹部疼痛，并伴随着腹泻等症状。