糠秕孢子菌毛囊炎可通过外用药物及口服药物进行治疗。具体如下：1、外用药物治疗，复方酮康唑霜是一种乳剂型的基质软膏，其活性成分包括酮康唑，适用于皮肤真菌以及酵母菌所引发的糠秕孢子菌毛囊炎，按规定用药可减轻皮肤表面的毛囊性丘疹，可以有较好的消炎、止痒及消肿的作用。2、口服药物治疗，根据糠秕孢子菌毛囊炎患者的病情，可选用口服药物治疗，比如伊曲康唑胶囊能达到不错的治疗效果，从而缩短患者的病程时间。患者应当在用餐后服药，部分患者用药后可产生厌食、恶心以及腹痛等不良反应。