治疗胃肠炎因禁食，纠正水电解质紊乱，通常患者只需卧床休息并饮用足量的水分，如口服补液盐溶液即可，即使是呕吐的患者也要尽量多饮水。哺乳期的婴儿应继续哺乳，如果呕吐或腹泻持续时间较长或有严重脱水，有必要进行静脉补液。呕吐剧烈时可以加用止吐药，如腹泻持续超过24-48小时，并没有迹象表明有更严重的细菌感染，可加用止泻药物。通常儿童不建议使用止吐和止泻药，由于抗生素可能引起腹泻或促进耐药菌生长，即使胃肠炎的致病菌已经明确，抗生素通常也不建议使用，但是某些病原菌，如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等感染，或有旅行者腹泻可使用抗生素。对于病毒感染所致的胃肠炎，抗生素并无效果，寄生虫感染所致的胃肠炎，需要使用抗寄生虫的药物。