肛窦炎的治疗主要是以局部抗炎对症治疗为主，临床上多数采用肛塞消炎栓剂或者消炎凝胶，配合中药直肠滴入治疗或者灌肠治疗。肛窦炎的发生和肛隐窝持续感染有关。由于肛隐窝局部出现肛窦较深，从而当患者大便过稀时，会由于粪便和污染物的残留而出现持续性的感染。患者临床表现为排便时肛门局部的疼痛分泌物增多，通过相关检查可明确看到肛窦发红疼痛的情况，治疗肛窦炎早期可以选择药物治疗，但是由于持续性的肛窦炎有可能进一步诱发肛周脓肿，如果患者反复发作，肛窦炎也可以通过手术将局部病变的肛瘘打开，避免炎症加重。