孕妇晚期肾结石疼痛，首先建议及时到正规医院接受详细的检查，来明确肾结石的具体情况，以及病人疼痛的性质和疼痛的持续时间。如果是因为比较小的肾结石掉到输尿管内形成的急性梗阻，导致病人出现比较剧烈的腰部绞痛，那么可以给予一些缓解血管痉挛的药物，以及止痛的药物来进行治疗，比如使用黄体酮缓解输尿管的痉挛，同时也有保胎的作用。如果疼痛非常剧烈，可以给予一些比较强效的止痛药，来缓解病人的痛苦。如果是因为结石引起的感染引起腰疼，就要进行积极的抗生素治疗。