没有症状的阴道疱疹患者或者是亚临床感染者，通常不用药物治疗。有症状者可进行全身治疗和局部的处理。全身治疗主要是抗病毒治疗，局部处理包括清洁创面和防止继发的感染。抗病毒的药物可以减少水疱和溃疡的严重程度，以及持续的时间，加速创面的愈合，并减少复发的几率，同时还可以减少疱疹不传染给他人。临床上常用的药物就阿昔洛韦，伐昔洛韦和泛昔洛韦。初发的生殖器疱疹患者可口服用药疗程一般为七到十天，病情复发的患者在出现前期症状时，或者在症状出现的24小时内服用药物。如果频繁的复发，每年复发的次数超过六次，可每日长期坚持服用药物。局部治疗包括清洗的溶液，比如生理盐水，3%的硼酸溶液，外用抗病毒药剂3%的阿昔洛韦乳膏或者是1%的喷昔洛韦乳膏涂抹阴道或外阴。